我国商会组织目前总体上仍处在初级阶段，不同行业、不同地区之间差别很大。商会在发展过程中，也存在诸多缺陷和问题，严重制约着商会功能的发挥，主要表现在：
    从目前情况看，多数商会行政色彩较浓，在组织形式、运作机制、人员素质和服务水平等方面，与国外商会有较大差距。随着市场经济的发展，政府对商会的干预应该逐步减少，商会作为纯民间的自治组织、自律性的社团法人，不应承担政府才能承担的职能。削弱了商会对企业的吸引力，也使得商会无法摆脱不合理的干预。商会作为民间性的团体法人，应严格依照有关法律法规的要求和标准设立。然而，目前我国商会的设立与分布没有统一的标准和要求，既有按照所有制性质划分的，也有按照行业划分的，既有全国性的，也有区域性的。许多行业商会，是从部门管理转向行业管理过程中直接在原有部门框架上换牌而成的，由于缺乏统一的设立与分布标准，势必造成重复设立，职能交叉等问题，行业活动不能很好开展，权威受到损害，增加工商企业负担。此外，各地商会组织发展也不平衡，有的地方商会发展较快，而不少地方要么没有商会，要么商会名不副实，以至于商会的职能和作用难以得到发挥。
    在市场经济条件下，政府对商会的管理一般不是直接管理，而是通过政策引导和必要的行政措施实施间接管理，商会依法自我约束、自我发展、自我完善。一方面，目前对商会的管理还存在空当，一些地方政府至今没有明确分管领导主管这项工作，也没有一个统一的管理、协调部门，结果是有利的事，各方插手，无利的事，大家甩手，甚至出现互相扯皮的现象。另一方面，由于我国的商会起步较晚，其发展缺乏经济、法律、行政的调节手段，有些行业的管理跨度大、难度高，政府职能尚在转换中，新旧体制下各自形成的思维方式和管理手段都在同时起作用，在这种状况下，商会难以通过经济的、法律的和行政的手段来实施有效的行业管理，使一些行业自律的运行机制无法真正形成，商会在实践中的作用发挥不好，有的几乎成为摆设。
    由于商会为经济服务只局限在务虚、协调关系、配合等方面，缺少经济服务必要的职能和手段，政府应赋予的服务职能没有赋予，工作职能不明确，缺乏应有的权利。作为工商经济界人士的代表团体，在参与各级党委和政府重大方针政策、重大经济和社会决策的协商，特别是经济政策的制定执行、民主监督等方面，地位不突出；政府职能部门在组织开展涉及非公有制经济等活动中，商会参与程度较低。在具体操作过程中，往往导致功能不明，职权不清，造成效果不明显甚至无所适从的情况，有的商会根本无法取得广大工商业者的信赖和支持，这严重制约了商会作用的进一步发挥。
    为加快商会的建设和发展，充分发挥其重要功能，目前迫切需要探索一条在思路上创新、在结构上调整、在功能上完善、在服务上加强的新路子，吸取经验教训和参照国外商会的先进经验，制定符合社会主义市场经济体制的商会运作机制：
    社会主义市场经济中的商会地位和作用仅次于政府。政府应该对商会起到指导和规范作用，商会则是政府实施宏观管理的参谋、媒介、助手和监督者、服务者。作为活跃在市场经济中的商会工作，要具有社会权威性，就必须有法律的保障和规范。商会活动必须拥有法的依据，得到法的保护，以法的权威性理顺方方面面的关系，推动商会活动的开展。
    商会履行各项职能，需要政府各有关部门的合作和支持，必须理顺同各有关部门的关系。当前，应建立党政统一领导的协调机构，从上到下、从点到面理顺关系，明确各自工作重点，划清职能范围，按照政权分开的原则开展工作。围绕地方政府工作重点，着力打造覆盖面广、联系点多、代表性强、交往频繁，能够充分发挥作用、体现价值的商会。
    随着社会主义市场经济体制的逐步建立，在此基础上，建立起来的商会组织必须与之同步，关键在于统一规范化。在工作方式上要与国际商会逐步接轨，要真正转化成为名副其实的商会，必须逐步加强民间性、经济性和独立自主性，否则将难以实现向真正商会的转轨，也谈不上充分发挥商会的职能与作用。在组织建设上要形成规范化的运作方式。要借鉴国外商会的成功经验，重点办好几个综合性商会，以此为龙头，影响和带动其它行业协会和同业商会，形成真正的以商会为主体的全方位、多层次的商会运作机制。在自身建设上要加强自律观念。要进一步健全商会运作的规范性，制订一套统一、高效、可行的规章制度，严格照章办事，以统一的自律机制和规章制度协调自己的行动，形成一种良性运作模式。要强化独立自主、自我约束、自我管理和服务意识，明确自己作为市场中介组织的职能与作用，以此赢得广大会员的信赖和支持，形成与政府及其有关部门良好的互动关系，成为沟通政府与工商业者密切联系的桥梁和纽带。
    商会组织要发挥更大的作用，就要按市场经济的规律和要求，参照国内外一些好的做法，由政府赋予这此组织一定的职权。只有这样，才能进一步加大商会的工作力度和深度，推动非公有制经济健康发展。